复旦大学创建于1905年，原名复旦公学，是中国人自主创办的第一所高等院校，创始人为中国近代知名教育家马相伯。“复旦”二字选自《尚书大传·虞夏传》中“日月光华，旦复旦兮”的名句，意在自强不息，寄托当时中国知识分子自主办学、教育强国的希望。1917年复旦公学改名为私立复旦大学，下设文、理、商三科以及预科和中学部。1929年学校始设文、理、法、商四个学院，下辖16个系。1940年设立农学院。1937年抗战爆发后，学校内迁重庆北碚，并于1941年改为“国立”。1946年迁回上海江湾原址。1952年全国高等学校院系调整后，复旦大学成为文理科综合大学，1959年成为全国重点大学。2000年复旦大学与上海医科大学合并，成立新的复旦大学。

上海医科大学创建于1927年，是中国人自主创办的第一所高等医学院校。建院时定名为第四中山大学医学院，1932年改名为国立上海医学院，1952年更名为上海第一医学院，1959年成为全国重点大学，1985年改名为上海医科大学。上海医科大学与复旦大学的合并，进一步拓宽了复旦大学的学科结构，为综合性大学的发展目标奠定了坚实的基础。

历经几代复旦人的艰苦创业和努力奋斗，尤其是20世纪80年代以后，复旦大学进入快速发展时期。通过教育部和上海市共建，“七五”和“八五”的重点建设、“九五”和“十五”“211工程”、“985工程”的重点建设，复旦大学逐步发展成为一所包含哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、医学、管理学十个学科门类的综合性研究型大学。

2009年，学校有普通本专科生、研究生26362人；留学生3633人（其中攻读学位的留学生2531人）；另有成人教育、网络教育本专科生18664人。有专任教师2426人、专职科研人员252人，其中高级职称1649人。有中国科学院、中国工程院院士36人，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授53人、讲座教授30人，“国家重点基础研究发展计划（含重大科学研究计划）”项目首席科学家17人。有直属院（系）28个，设有本科专业70个，一级学科博士学位授权点24个，博士学位授权学科、专业点154个（其中自设30个，专业学位1个），硕士学位授权学科、专业点229个（其中自设51个，专业学位10个），并设有29个博士后科研流动站。有11个一级学科国家重点学科、19个二级学科国家重点学科。有国家重点实验室4个，教育部工程研究中心4个，教育部重点实验室13个，卫生部重点实验室9个，上海市重点实验室6个，“985工程”科技创新平台5个，“985工程”哲学社会科学创新基地7个。

学校已经形成“一体两翼”的校园格局：即以邯郸校区、江湾新校区为一体，以枫林校区、张江校区为两翼。占地面积244.32万平方米，校舍建筑面积141.05万平方米。此外，学校还拥有中山医院、华山医院等10个附属医院。

一百多年来，学校在培养人才、创新科技、传承文明、服务社会方面为国家作出突出贡献。复旦师生谨记“博学而笃志，切问而近思”的校训；严守“文明、健康、团结、奋发”的校风；力行“刻苦、严谨、求实、创新”的学风，发扬“爱国奉献、学术独立、海纳百川、追求卓越”的复旦精神，为民族的解放和振兴，国家的建设和发展，社会的文明和进步作出重要贡献。2005年复旦大学百年华诞。中共中央总书记、国家主席、中央军委主席胡锦涛发来贺信，中共中央政治局常委、全国人大常委会委员长吴邦国出席百年校庆庆祝大会并发表重要讲话，中共中央政治局常委温家宝、贾庆林、曾庆红、黄菊、吴官正、李长春、罗干以各种方式对复旦百年校庆表示祝贺。2006年学校制定了《复旦大学“十一五”发展规划纲要》，以坚持内涵发展为主导，以增强综合实力为主线，以争取重大突破为方向，向建设世界一流大学的目标大步迈进。